常见结构数据库你应该知道这个
小分子数据库：https://www.chemdiv.com/简介：专注于设计和合成用于生物筛选的小分子化合物库，库存可用的化合物已经超过1,250,000个，每年以超过20万个化合物的速度递增。The Cambridge Energy Landscape Database：http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
简介：汇集了许多不同类型的原子和分子团簇的极小点结构和能量。
晶体学开放数据库：http://www.crystallography.net
简介：是一个免费的晶体学数据库，无机、有机晶体数据文件都有，可以直接得到cif文件。在一定程度上可以代替收费的CCDC和ICSD（但数据的完整度和质量可能还有差距）。
美国矿物学晶体结构数据库：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
简介：可以获得大量无机晶体的晶体学信息和结构文件。
免费索取CCDC晶体数据库结构文件：http://www.ccdc.cam.ac.uk/cgi-bin/catreq.cgi
简介：CCDC晶体数据库本来是收费的，但是从这个页面，可以免费索取1994年之后发布的晶体结构文件，而不必买整个CCDC库。
沸石结构数据库：http://www.iza-structure.org/databases/
简介：可以获得各种沸石的信息和cif文件。
Yoshida的富勒烯结构库：http://www.cochem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html
简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结构。可以下载到C60~C100的富勒烯结构文件。这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。
纳米管、纳米锥、富勒烯的VRML库： http://jcrystal.com/steffenweber/gallery/NanoTubes/NanoTubes.html
简介：可以下载到一些纳米管、纳米锥、富勒烯、超导化合物晶胞结构的VRML文件(.wrl)，可以下载到C20~C720的富勒烯结构的cc1文件（其中多数也可以在Yoshida的库里下载到）。
GLYCAM寡糖数据库：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp
ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php
简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。
NDB核酸数据库：http://ndbserver.rutgers.edu
简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。
PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp
简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。
Binding MOAD：http://www.bindingmoad.org
简介：是PDB数据库的子集，专门收录蛋白–配体复合物的信息。可以根据配体，或者根据蛋白酶的EC分类、功能查询。
MDB（金属蛋白数据库）：http://metallo.scripps.edu
简介：用来从PDB数据库中搜索含有某种金属的蛋白。可以将所含金属、解析度、配体数、金属–配体距离、作者等信息作为检索条件。结果会给出PDB ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在线浏览其3D结构。
sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB
简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。
RCSB PDB数据库：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
简介：十分重要的数据库，汇集了X-ray衍射、NMR以及少数由模拟预测方法获得的蛋白质/核酸结构。且可以通过给定的氨基酸序列对库内结构做BLAST/FASTA搜索。
HPDB蛋白质数据库：http://hpdb.hbu.edu.cn
简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。
ZINC化合物虚拟筛选数据库：http://zinc.docking.org/index.shtml
简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。
PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。
蛋白质pKa数据库(PPD)：http://www.jenner.ac.uk/PPD
蛋白质分类数据库(CATH)：http://www.cathdb.info
简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。
蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。
结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1RffMj+-lib+FSSP
简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。
VIPERdb二十面体病毒衣壳结构数据库：http://viperdb.scripps.edu
简介：包含X光衍射和低温电子显微镜测得的病毒衣壳分子结构文件，不仅可以下载对称唯一部分的pdb文件（这从RCSB数据库也能得到），还可以获得由其组成的半个或整个衣壳的pdb文件（根据单体的对称信息构建的）。同时还可以得到描述衣壳对称特征的格子的pdb文件，可以在VMD里用DynamicBond方式在调大成键判断阈值后显示出来。也会给出子单元数、T数、半径、SASA、表面净电荷等信息、二级结构、各残基SASA、单体间连接方式等。
跨膜蛋白数据库：http://pdbtm.enzim.hu
简介：收集了RCSB蛋白质数据库中所有跨膜蛋白，可以下载结构文件或在线观看结构。
Nucleic Acids Research分子生物学数据库专题：http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1
简介：包含近200种分子生物学数据库介绍，免费访问。
Protein-RNA Interface Database (PRIDB)：http://pridb.gdcb.iastate.edu
简介：蛋白质-RNA界面数据库，是RCSB蛋白质数据库的子集，指出了蛋白质与RNA存在相互作用的残基，用户也可以自行上传pdb文件进行预测。另外还提供了一些其它的预测蛋白质与核酸相互作用的残基的在线工具的链接。
Protein-Protein Interactions：http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/structure/protein-protein.htm
简介：收集了一批和蛋白质–蛋白质相互作用有关的数据库和工具。
PDBIdb：http://melolab.org/pdidb/web/content/home
简介：蛋白质-DNA界面数据库，可以下载完整pdb文件或只下载相互作用界面的pdb文件，可直接调用NUCPLOT绘制出DNA与蛋白质残基相互作用的拓扑关系图。还给出了各个相互作用位点的所属类型（氢键、疏水、离子键等）、接触方式（核酸骨架、大凹槽、小凹槽），可以直接在网页内嵌的JMol里用图形表示出来
