计算机辅助药物设计的Linux基础(一)

Linux的开发与另一款稳定而成熟的操作系统——UNIX有着深厚的渊源。而UNIX是在美国电信厂商AT&T公司旗下的贝尔实验室(Bell)原Multics项目组成员Ken Thompson以汇编语言(assembler)写成的Unics系统基础上,与Dennis Ritchie等人合作用C语言重新改写编译而成的。由于当时AT&T公司对UNIX持开放态度,UNIX便开始与学术界进行合作开发。早先的UNIX只能在服务器或工作站上使用,从第七版以后,UNIX可以支持x86架构的个人计算机系统。但此时AT&T公司由于商业考虑收回了UNIX的版权,并在其发行的第七版UNIX中特别强调“不可对学生提供源码(source code)”。这样的版权声明对当时高校从事UNIX研究与教学的专家学者造成了巨大的影响。为了完成有关的教学任务同时避免版权纠纷,Andrew Tanenbaum教授在不阅读UNIX源码的情况下,编写了一款名为Minix的类UNIX内核程序。

是开放性架构,拥有自由和开放的使用、学习环境;对硬件配备要求低廉,目前市面上销售的任何一台计算机均可达到其使用标准;内核功能强大而稳定;并且可以独立完成几乎所有的工作站或服务器工作。具体来说,Linux有一下4个特点:

  • Linux属于自由软件,用户可以免费或花费少许费用获得它和它的源码,并可根据自己的需要对其进行必要的修改和再发行。
  • 运行Linux的配置不高,支持众多个人计算机周边设备。
  • 随着Linux越来越流行,许多销售的电脑上都预装有Linux,Linux系统也开始慢慢抢占台式电脑操作系统的市场。而Linux上的软件也越来越多,使用也越来越方便。
  • Linux在Linux 1.0版本以后,加入了X Window系统,提供了友善的图形用户界面,不再是UNIX系统中单一的文本界面。且图形界面不止一种,如:KDE、GNOME等,用户可根据个人喜好进行选择。

与Windows OS相比,Linux还具有如下5点特色:

  • 由于Linux是GNU GPL授权模式,使用Linux无版权之争,且绝大多数应用软件可免费获得。
  • Linux可在Intel 386及以上各种RISC体系架构机上运行。由于其最早诞生于386个人计算机,一系列版本都充分利用了x86 CPU的任务切换能力,可使x86 CPU的效能发挥得淋漓尽致。
  • 由于Linux充分利用了x86 CPU的任务切换机制,实现了真正的多任务、多用户环境,允许多个用户同时执行不同的程序,并可给紧急任务以较高优先级。
  • Linux是依靠互联网迅速发展起来的,它本身也拥有强大的网络功能。可以轻松地与TCP/IP、LANManager、Windows for Workgroups、Novell Netware或Windows NT网络集成在一起,还可以通过以太网或调制解调器连接到互联网。
  • Linux是完整的UNIX开发平台,几乎所有的主流程序设计语言都已经移植到Linux上,并可免费得到,如:C、C++、Fortran77、ADA、PASCAL、Modual2/3、Tcl/TkScheme、SmallTalk/X等。

在接下来我们将对linux的基础命令进行分享:

vi编辑器一般可分为3种模式:一般模式、编辑模式与命令行模式。一般模式下,用户可以通过上下左右键移动光标,删除、复制、粘贴文件数据,但无法编辑文本内容;编辑模式下,用户可以根据实际需要,对文本进行编辑;命令行模式下,用户则可查找数据,读取、保存、大量替换字符等操作。

(1)进入vi

在#或$等系统提示符下输入vi与需要编辑的文件即可进入vi编辑器的一般模式,并显示目标文件的内容。若输入的文件名未存在,系统将视为新建文件。打开的vi编辑器中将不显示任何内容。进入vi编辑器后,若要对具体的文本进行编辑,则需要切换到编辑模式。方法是按下键盘上的A、I、O或R(大小写均可)键。进入编辑模式后,界面左下方会出现INSET或REPLACE字样。如:

[mdkj@puma md]$ vi leap.in(编辑文件leap.in。图1给出了编辑模式下vi界面。)

图1 vi编辑器示例

(2)退出vi

完成编辑后,可按Esc键返回一般模式。在一般模式下输入“:”、“/”或“?”即可进入命令行模式。若要保存编辑,输入“:wq”命令即可保存并离开vi编辑器;若不希望保存编辑,输入“:q!”命令即可在不保存编辑的情况下强制退出vi编辑器。

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