PyMOL是一款基于Python语言的三维结构可视化软件，非常简单实用。2017年，第一次接触和使用这款软件，现在将自己使用的过程常用到的一些命令总结分享出来，希望能对大家有些许帮助。
1给选择的片段特定的颜色
- set_color – 标准颜色的设置
set_color color1, [186,182,217]
- color – 选定片段上色
color color1，random_selection
2结构叠落与比对
Align – 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。
align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, transform [, reset ]]]]]]]]]]]]] 解释： mobile =字符串：需要移动的对象名 target =字符串：目标的对象名 cutoff = 浮点数：截断值，默认2.0 cycles =整数：最大循环数，默认5 gap, extend, max_gap: 序列对比参数 object = 字符串：创建的一个比较对象名，默认无 matrix = 字符串: 序列比对的替换矩阵的文件名，默认BLOSUM62 mobile_state =整数: 移动选择的对象状态，默认全状态 target_state = 整数：目标选择的对象状态， 默认全状态 transform = 0/1: 是否做叠加，默认1
3 surface背景下的cartoon图
- show – 用于显示representation
show cartoon
show surface
- transparency – 增加或减少结构的透明度
set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明，越接近 1 越透明
4 创建测量对象
- distance – 用于测量距离
distance measure01, b/46/ce, b/53/cg
- dist – 用于测量氢键
dist hbond01, chain a, chain b, mode=2
- angle – 用于测量角度
angle measure02, b/37/ca, b/37/cb, b/37/og
- dihedral – 用于测量二面角
dihedral measure03, a/18/n, a/18/ca, a/18/cb, a/18/cg
5 关于绘图
- draw – 绘制一张基于OpenGL的图像
draw 1600,1200
- ray – 绘制一张光线追踪的图像，该图像具有比OpenGL更好的照明和阴影
ray 1200, 900
- png – 将图片以PNG格式保存
png my_image.png
