Yasara技术分享
01 是什么？
YASARA始于1993年，由奥地利的ElmarKrieger编写开发，是集图形显示，分子建模，分子对接和分子动力学模拟于一体的综合性分子模拟软件，目前YASARA相关文献的引用量已超3500次。YASARA来自于“Yet Another Scientific Artificial Reality Application”的缩写，中文意思为：又一次科学与艺术的现实应用。科学和艺术，是YASARA软件的特点。
2019年8月，四川魔德科技有限公司（简称：魔德科技）与奥地利的YASARA Biosciences公司达成合作共识，授权魔德科技负责YASARA软件在中国的销售，培训和技术支持。因此本文主要为广大中国用户介绍YASARA这款艺术级的分子模拟软件
02 看什么？
YASARA软件拥有目前少有的艺术级别的显示界面，默认的蓝色渐变背景不仅可以增强蛋白三维结构的层次感，而且对于长期使用的用户，还可以减轻视力疲劳。
YASARA的显示界面由四部分组成：1、左侧的原子参数信息；2、右侧的场景目录；3、菜单栏及快捷工具；4、分子显示主界面。
原子参数信息：原子序号、名称、元素符号、B因子、残基名及序号、场景编号、三维坐标、速度信息（MD模拟时）、作用力和实时显示原子间距离，角度和二面角信息。
场景目录：YASARA独有的加载多个文件的功能，最多可加载达上千个结构文件，可独立操作，并且彼此互不影响，快速切换。
菜单栏及快捷工具：菜单栏包括了YASARA几乎所有的功能，快捷工具栏可快速撤销操作，选择指定范围内原子，恢复初始状态，以及自动旋转结构等。
分子显示主界面：YASARA的分子显示模式多种多样，并且可以一键切换（F1~F8），不必像其他软件必须在菜单栏中去点选。
03 做什么？
YASARA作为一款综合性的分子模拟软件，拥有无与伦比的显示界面的同时，也基本包括了目前生物分子模拟的大部分方法，如分子对接，同源建模，分子动力学模拟和虚拟筛选，与其他商业软件相比也毫不逊色。
04 分析什么？
1. 构建小分子/多肽结构
YASARA的结构构建模块可以在几秒钟之内手动搭建出复杂小分子/多肽的三维结构，在结构构建完成之后，可以采用半经验的MOPAC或者YASARA中基于经验的力场参数自动分配工具AutoSMILES对分子结构进行初步优化。
2. 相互作用分析
YASARA可以一键分析蛋白-蛋白、蛋白-配体之间的氢键、疏水作用、π-π堆积作用、Cation-π作用等。
3. 预测质子化状态
YASARA可以自由设定体系的pH值，并自动预测有机分子在当前pH下的质子化结构。
4. 蛋白质/小分子叠合
YASARA可以对多个目标蛋白/小分子进行基于结构/序列的快速叠合，使结构之间的差异一目了然。
5. 计算分子表面
YASARA可以计算并显示蛋白质/小分子的范德华表面、分子表面和溶剂可及表面，同时可以计算分子体积。分析和展示分子表面形成的空腔，并创建交互式切割面，可对蛋白的内部空腔进行深入观察。
05 实用性呢？
系统适用性：YASARA目前支持所有操作系统，包括Windows，Linux和Mac，另外还可以支持手机Android操作系统。
文件格式适用性：YASARA支持超过70种分子文件格式，不仅兼容常见的pdb,mol2,sdf,gro,xyz等分子文件格式，还可以读取ADF,Gaussian,GAMESS,DMol3,VASP等量子化学程序的输出文件。
结构适用性：YASARA的内核为PVL框架，比传统软件具有更高的性能，可以对大量蛋白结构进行交互式的分子模拟操作。打开较大PDB文件的速度为其他图形化软件的50倍以上。另外YASARA还支持将当前界面（包括显示模式，操作步骤等信息）保存为场景文件，可以随时打开进行继续操作。
