AutoDock已经进行…

本文讲解如何使用ptthon脚本“prepare_flexreceptor4.py”创建两个AutoDock 4的输入文件，其中一个是包含刚性残基的，另一个则包含柔性残基，以进行柔性对接。

网格参数的准备是分子对接中的一个关键步骤，其对分子对接结果的影响也是至关重要。本文将概要讲解如何在AutoGrid 4中通过python脚本“prepare_gpf4.py”来创建一个网格参数文件。

对接参数文件详细规定了配体文件在对接过程中如何移动，该用哪些网格文件进行能量评估，使用哪些搜索方法和相应的传入参数，还有执行多少个独立的对接任务和使用多少个能量评估标准。