功能介绍——YASARA View
YASARA View模块可以免费获取，包含交互式观察大分子结构所需的所有功能
- 具有高达4K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示，比基于OpenGL的其他解决方案快10倍；
- 支持70多种分子文件格式
- 8种不同显示模式随意切换
- 光线追踪（Ray-tracing）算法以任意分辨率获得高质量的结构图片（SCI文章级别）
- 可同时打开100+个分子结构文件，基于结构或序列对不同蛋白进行叠合，计算RMSD值
- 一键测量任意原子之间的距离、角度、二面角
- 构建原子、氨基酸、多肽链以及一键突变氨基酸
- 自动分配键级，并添加丢失的氢原子
- 使用Python脚本语言扩展YASARA的功能，在Python脚本中简单输入“import yasara”即可调用
功能介绍——YASARA Model
在View的基础上增加了结构分析的功能
- 具有高达8K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示，以及高质量的GPU加速
- 用MPEG格式编码动画，可粘贴到PPT中
- 可同时操作上千个蛋白结构，并独立移动
- 分析分子间的接触、氢键、疏水/π-π/Cation-π相互作用
- 交互式改变原子间的距离、角度和二面角
- 自定义pH值（0-14），并给出分子合理结构
- 实时计算并显示van der Waals，分子以及溶剂可及表面的快速算法
功能介绍——YASARA Dynamics
在Model的基础上增加了分子动力学模块
- 基于CPU+GPU计算的快速分子动力学模拟算法，以及周期性或非周期性的模拟盒子
- 支持Amber力场以及最新开发的NOVA和YAMBER力场
- 采用PME方法精确处理长程静电作用
- 采用LINCS和SETTLE算法处理键长和水分子
- 采用泊松-玻尔兹曼或PME方法计算能量、结合能
- 交互式的动力学模拟，可以固定或释放原子，增加约束，切换力场
- 即使在配体存在的情况下，也可以一键运行分子动力学模拟（基于GAFF力场）
- 一键运行膜蛋白的分子动力学模拟
- 采用MOPAC进行半经验MNDO/AM1/PM3量子化学计算
- 交互式构建多糖结构，每一步进行能量最小化
功能介绍——YASARA Structure
在Dynamics的基础上增加了分子对接和同源建模
- 一键进行分子对接，支持改进版的Autodock和Vina，可以多核运行Autodock
- 一键同源建模，选择蛋白序列，即可构建得到蛋白模型，并在显式溶剂中进行优化结构
- 基于pH值计算分子的氢键网络，并自动考虑配体
- 加入新的力场YASARA和YASARA2，力场中添加了很多基于经验的部分，适于对蛋白结构更加精细的修饰和预测
- 可移植FoldX插件，计算点突变，丙氨酸扫描，结合能等
