AutoDock已经进行了参数化，以支持在生物模拟体系中最常见的原子类型，这些原子类型还被包含在用于校准力场的复合物中。基于此原因，许多不太常见的原子类型并没有被引入力场参数中。对于这个问题我们有几种方法可以解决，取决于用于建模的复合物的复杂程度和要获得的精度间的关：
1严格的方式。给新原子找到合适的参数，并将这些参数添加到现存的力场参数文件中。接着便可以使用文件中的参数而不是内部参数来运行AutoGrid和AutoDock了。参数文件的格式在AutooDock手册中有详细的描述。关于如何在AutoDock中添加新的原子类型见http://www.modekeji.cn/?p=1961。除此之外，我们还可以简化这一过程，在现有的原子类型的基础上进行修改，通过简单地改变原子的范德华半径得到一组近似的原子参数。
2简单的方式。把需要添加的原子类型用现存于力场中与其最接近的原子类型进行替换。这个改变需要手动地编辑PDBQT文件，用现有的原子类型对未被识别的原子类型进行替换。除原子半径外，原子电荷可能也需要手动编辑。
