本文讲解如何使用ptthon脚本“prepare_flexreceptor4.py”创建两个AutoDock 4的输入文件，其中一个是包含刚性残基的，另一个则包含柔性残基。此脚本的输入文件应该为pdbqt格式，而输出文件也为pdbqt格式。pdpqt格式是AutoDock 4最新采用的一种文件格式。柔性文件包含用于建立扭转柔性的特殊关键字。可选参数项可用于禁止指定键间和指定原子间的旋转。
概览：
对于受体中的每个原子，在受体文件中，都有特殊的一行对其描述，以开展AutoDock的模拟计算。准备受体文件包括，添加gasteiger 电荷以确保原子遵循AutoDock 4中的原子类型，融合非极性氢和检测芳香碳，输出pdpqt文件。如果需要在受体中引入柔性条件，需要将受体中刚性部分和柔性部分，分别输出在不同的文件中。这两个受体文件可用AotuDockTools通过可视化界面准备或python脚本“prepare_flexreceptor4.py”在命令提示符界面下准备。python脚本“prepare_flexreceptor4.py”存放于路径AutoDockTools/Utilities24下。在命令行界面导航至此目录下，输入此脚本的文件名即可获得此脚本的基本使用方法（Usage）。
Usage
步骤
1.若未安装MGLTools，请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。
2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的prepare_ligand4.py复制到你的工作目录，或确保你的环境变量包括yourpath ，yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24，即MGLTools的安装目录。
3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“prepare_flexreceptor4.py”脚本。
pythonsh [yourpath/ or ‘./’]prepare_flexreceptor4.py -r receptor.pdbqt [options]
[yourpath/ or ‘./’]表示你的安装路径
输入
输入的受体文件应该只包含一个受体分子，并且在此受体文件中，需要保证所有的氢原子已被添加。
输出
输出的文件名，在默认情况下，是输出的文件名分别为输入文件名的主干部分加上_rigid.pdbqt和_flex.pdbqt。比如，“hsg1.pdpqt”在默认情况下，将会输出 “hsg1_rigid.pdbqt”和“hsg1_flex.pdbqt”两个文件。
可选参数项
-N：允许旋转的键
（默认为允许主干，和不允许酰胺和胍）
-P：原子名称对
所有的在原子对间的键都不允许旋转。原子对中原子名应该用下划线分隔，原子对间用冒号分隔。例如“CA_CB:CB_CG:C_CA”。
–g：受体中刚性部分的输出文件名。
（默认为receptorname_rigid.pdbqt）
-x：受体中柔性部分的输出文件名
（默认为receptorname_flex.pdbqt）
已知问题
1AutoGrid计算必须使用只包含受体中刚性部分的文件。
2如果柔性残基中有任何不包含在配体中的原子类型，则这些原子类型必须在网格参数文件中的ligand_types列表进行引用。
3对接参数文件名必须在柔性残基文件名的最前面引入关键字flexres，例如， flexres hsg1_flex.pdbqt
