概要
网格参数的准备是分子对接中的一个关键步骤，其对分子对接结果的影响也是至关重要。本文将概要讲解如何在AutoGrid 4中通过python脚本“prepare_gpf4.py”来创建一个网格参数文件。此网格参数文件通过设置每个维度的点数目、网格中心和点间距来指明了3D搜索的空间范围。还指明了用于探测的原子类型，受体的文件名以及每个输出网格映射的名称。网格参数文件除了可以使用python脚本“prepare_gpf4.py”来获得外，同样可以使用AutoDockTools（ADT）来准备。python脚本“prepare_gpf4.py”在目录AutoDockTools/Utilities24下。导航至此目录在命令提示符界面输入prepare_gpf4.py的将会得到该脚本的使用方法。
使用方法
方法步骤
1.若未安装MGLTools，请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。
2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的prepare_ligand4.py复制到你的工作目录，或确保你的环境变量包括yourpath ，yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24，即MGLTools的安装目录。
3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“prepare_recrptor4.py”脚本。
输入
此脚本所需的输入是格式化受体文件和格式化配体文件的文件名，受体文件和配体文件必须是AutoGrid 4支持的pdbqt文件。
输出
此脚本的输出是网格参数文件，文件名通常为，受体文件名的主干部分加上后缀“.gpf”。
可选参数项
-i：reference_gpf_filename
可以指定模板网格参数文件，该文件将用于设置网格映射的位置和范围。
-o：output_gpf_filename
默认的输出文件名是受体的名称+ .gpf。
-p：parameter=value
可以使用此选项设置特定的参数
-d：directory of ligands to use to set types
将读取指定目录中的所有pdbqt文件，以获得用于在gpf中设置ligand_types的列表。
已知问题
要指定参数gridcenter或npts的坐标，需要使用包含所需值的引用gpf文件。
