由于缺少实验数据，所以在AutoDock中有些原子，比如重金属离子，是没有写进AutoDock的标准力场文件中的，导致我们缺少相关信息，无法进行分子对接。所幸，在AutoDock中，我们可以手动添加在AutoDock原本没有的原子信息，这些信息包括，Rii（原子范德华半径，单位Å）、epsii（范德华势）、vol（原子溶解体积，4/3*π*(Rii/2)^3，单位Å3）、solpar（原子溶解参数）。
如何添加原子参数？
在AutoDock中存在一个保存原子参数的文件，我们需要向这个文件中写入我们所需的原子信息。在这个文件中，每一行都保存着一种原子的参数。对于金属原子，添加相应的原子信息样例如下：
atom_par Zn 1.48 0.550 1.7000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4
前4项数字就分别对应着我们前面所说的4个参数Rii、epsii、vol和solpar。
添加完原子的这些信息后我们还需要向AutoGrid和AutoDock对应的*.gpf和*.dpf写入新的原子信息文件，这里我们需要以下命令：
parameter_file <modified parameter file name>
modified parameter file name指用户自定义的原子信息文件的文件名。
添加新的原子参数需要在AutoDock默认的原子参数文件的基础上写出新的原子参数。以下是AutoDock默认的原子参数文件下载链接（注意需要解压后使用）：
