如何蛋白质——配体复合物保存在PDB文件中？
在完成配体与蛋白质的对接后，该如何将蛋白质——配体复合物保存在PDB文件中？
从对接日志文件中提取对接结果
在对接完成后AutoDock 4会输出配体的原子坐标，在柔性对接中，受体的移动部分也会输出。每个对接构象都保存在PDBQT格式（在对接日志文件中）的文件中，假如你做了10个对接，那么在DLG文件中应该有10个不同的对接构象。在PDBQT文件中，每个对接构象的的前缀都为“DOCKED”，所以我们可以用简单的UNIX命令将它们提起出来。在终端中用cd命令导航值DLG文件的目录。然后输入以下命令，注意需要将my_docking.dlg替换成你的DLG。
将PDB格式转换为PDBQT
将PDB格式转换为PDBQT文件的最简单的方法就是将电荷（Q）和原子类型（T）去掉，命令如下（其中my_docking.pdb即你将要当前目录输出的文件）。
以上的命令会创建一个包含所有对接结果的PDB文件，每个对接都显示为一个单独的“MODEL”，每个“MODEL”都包含配体和受体的移动部分。通过使用PyMol等程序可将这些模型可视化。
将包含所有对接构象的PDB文件拆分成包含单个对接构象的PDB文件
将包含多个模型的对接构象，例如my_docking.pdb拆分成单独构象的PDB文件，需要以下命令。
拆分后的得到的PDB文件将会以my_docking.000.pdb，my_docking.001.pdb，my_docking.002.pdb的命名对着进行命名。
创建复合体的PDB文件
创建一个包含受体和所有已对接配体的复合体，需要用到以下命令，此命令将受体的PDB文件（receptor.pdb）和包含所有配体对接构象的文件（my_docking.pdb）合并在一起。
此命令会创建一个complex.pdb的文件。
创建一个包含受体和一个配体的PDB文件，需要以下命令（其中my_docking.042.pdb为单个配体的pdb文件)。
