为什么相同的输入会有不同的对接结果？
多对接计算任务使用需要指定使用以下关键字之一，“ga_run”、“do_local_only”或“run”“simanneal”，通常，即使是相同的输入也会导致不同的输出，其原因如下。
1.AutoDock在搜索过程中为配体创建的对接姿态是随机，由一个随机数产生器决定。
2.AutoDock使用的随机数产生器依靠两个初始种子生成一个随机序列。构象搜索就是使用此随机序列来设定位置、方向和扭转程度的。
3.这两个种子的默认参数有“pid”（进程id）和“time”（时间），进程id和时间在不同的AutoDock计算任务间是变化的。
4.因此，不同的AutoDock计算任务产生的随机序列不同的，使得依靠不同随机序列搜索得到的构象也是不同的，这导致了对接结果的不同。
但是需要注意的是，在AutoDock中是可以指定种子的，在指定相同的种子的情况下，AutoDock给出的计算结果应该是限制性相同的。
还有一个需要考虑的是，对接结果应当是搜索结果的彻底遍历。如果单个AutoDock任务计算量非常的大，很可能会导致搜索不够彻底，而无法找到对接任务的最小能量。在这中情况下，可能需要通过增加能量评估或代数来扩展构象搜索。
