对接结果可视化
对接完成后，得到了DLG（Docking Log file）文件，该如何将结果可视化呢？
AutoDock官方开发了一款名为AutoDock Tools（ADT）的可视化软件，可用于对接结果可视化，该软件可运行在Windows、Linux和Mac OS上。点击菜单选项，Analyze—Dockings—Open…，打开一个DLG文件，或者Analyze—Dockings—Open All…，打开多个包含相同配体和和目标的对接结果（用于当你在并行集群上运行一个分子对接）。
“get-dockings”得到对接结果后，对接大分子在哪？
在使用”get-docking”提取AutoDock log file中的对接构象后，你会得到一个PDB文件。此PDB文件包含了配体的对接构象，这些对接构象以能量递增的顺序排列并以构象聚类。但是，此PDB文件中不包含你所对接的大分子坐标，实际上，大分子的信息仍然在原始的PDBQS文件中。你可以这么理解，”get-dockings”命令得到的对接后的配体的坐标是以PDBQS中的大分子为参照的。
那么该如何同时得到配体和大分子的对接构象呢？在Insight II 2000中，首先读入模型的PDB文件（保证”Keep all frames”是打开的），然后把前一个对接结构作为参照，接着读入大分子的PDBQS文件，这时你就可以同时看到大分子和配体的对接构象了。
还有，一种方法是，你可以通过使用命令提示符，将大分子和配体的对接构象的所有信息添加到同一个PDB文件里，命令如下
