AutoDock常见问题,是否该在AutoDock中使用极性氢原子?
极性氢原子:极性氢原子是与氧和氮等电负性强的原子结合,导致不对称电荷分布的分子中的氢原子。(ADT假设非极性氢是连着碳原子的氢。)
在AutoDock 4中,采用的是联合原子模型(长程单电子分子离子模型)来表示分子,而AutoDock4评分函数是使用配体和大分子上的Gasteiger部分电荷来校准的。所以,对于大分子和配体,如果想正确地使用AutoDock 4力场,需要把所有的氢都加起来,计算盖斯泰格尔电荷然后合并非极性的氢原子。