swiss model 是一个简单易用的同源模建在线服务器，类似的在线服务器还有I-TASSER、WEyPred3D、HOMCOS。
swiss model同源模建简介
进入到swiss model首页，在modelling下共有3种模式，分别为Automated Mode、Aligment Mode、Project Mode。utomated Mode即自动模式，只需要提供自己的氨基酸序列和联系邮箱（接收结果）即可，此模式在蛋白质序列一致性较高时适用。Aligment Mode即比对模式，需要提交目标蛋白与模板蛋白的序列比对结果（格式为FASTA，MSF，ClustalW等），此模式适用的情况：1.目标蛋白和模板蛋白序列相似性较高；2.在自动模式中没有找到最合适的模板；3.有特定的需求（如需找更相似的活性位点，而不是蛋白整体结构）。Project mode即项目模式，此模式适用情况如下：1.蛋白相似性不高，通过序列比对难以直接获得模板；2.需要人工插入调节；3.需要对前两种模式得出的蛋白进行相应的调整。
利用swiss model进行同源模建的基本步骤：BLAST-p——PDB数据库——寻找合适模板——swiss model模建——SAVES评价模型质量——Chiron clash处理——SAVES再次评价模型。其中后续的优化，在结构方面可以利用分子动力学进行进一步的松弛，去除不合适的clash；在能量方面可以利用Gromacs对蛋白进行能量最小化。
