sybyl
Sybyl是一款用于药物小分子与生物大分子科学领域分子模拟软件。可以模拟的内容包括药物小分子的建模、构象分析、三维定量构效关係研究、药效团建模、虚拟筛选、生物大分子的同源模建、活性位点分析、数据库搜索等。sybyl是常用的同源模建软件。
Modeller
Modeller，是一款著名的蛋白质三维结构同源模建、比较建模软件。Modeller可根据用户提供的序列和已知的同源蛋白结构，自动生成不含氢原子的模型。通过满足空间约束，Modeller实现了蛋白质的比较建模。Modeller功能强大、可以调整的参数非常多，缺点就是对新手来说并不是特别友好。 Modeller 有Windows和Linux版本。
SWISS-MODEL
Swiss -model是一个基于ExPASy web的同源模建服务器，其目的是为了让全世界所有生命科学研究人员都能接触蛋白质建模。Swiss -model共为用户提供了3种操作模式，分别为Automatic mode、Alignment mode和Project mode。
Discovery Studio
Discovery Studio是一款用于生命科学领域的分子建模、模拟软件。Discovery Studio实现的功能有：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。
MOE
MOE可应用于许多领域，如生物信息学中的同源序列标志、对比；化学信息学中的药效团定位、三位结构查询、构象数据库、结构相似性与差异性表征；高通量研究中的高通量筛选分析、二叉树构效关系研究、组合化学分子库合成；分子设计中的分子对接、碎片分析、活性位点探测；蛋白质模拟中的同源模建、力学分析、突变进化；分子模拟中的动力学研究、分子表面研究、力场和静电势分析。 MOE也是常用的同源模建软件。
