VMD分子模拟软件可到其官网进行下载。
软件介绍
VMD是由美国伊利诺大学开发的一款可视化分子模拟软件，相较于NAMD只能完成动力学模拟计算没有图形界面而言，VMD有图形界面，可用于分子建模、视图可视化和生物分子体系（蛋白质、核酸、脂质等）的分析。由于VMD可以读取PDB（Protein Data Bank）文件并能显示相应的结构，其应用能范围扩广到更多的分子体系上。VMD提供了非常多的渲染和着色方法，可用于各种分子的成像。并且，VMD还可以动态地显示分子动力学模拟过程中各原子轨迹，即以动画的形式展示整个分子模拟过程。
安装与测试
VMD分子模拟软件可到其官网进行下载，VMD有Windows和Linux版本，并且VMD还有相应的CUDA版本，可进行GPU加速计算。
Windows下安装过程较为简单。
在官网下载相应的Windows版本即可，Windows 版本的VMD安装文件后缀为msi，按照提示进行安装即可。
Linux下安装步骤如下：
以VMD1.8.7为例，首先，解压下载的压缩包，
进入解压目录，编辑configure：
$install_bin_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/bin”
$install_library_dir=”/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7bata5/lib/$install_name”;
生成makefile：
./configure
安装：
make install
设置环境变量：
登录到LB节点之后，在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容：
export PATH=$PATH:/home_home_soft/softx86_64/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin
远程使用vmd的方法
安装Remote Graphics Receiver(GRS)软件，从RGS界面终端窗口登录到可视化节点，运行vmd命令即可。
