在AutoDock中，当我可视化了一个完成对接的化合物时该注意哪些特征？
第一，检查配体是否匹配受体中的某些口袋。
第二，检查配体中的原子和受体中的原子间是否存在化学匹配。
举个例子，检查配体中的碳原子是否接近受体中的疏水原子、在配体中的氮原子和氧原子是否接近互补氢键原子。
除此之外，考虑你所知道的一切的关于你的系统的特殊情况。举个例子，如果你知道你的酶的行为的相关机理和哪个残基将会被用到，那么检查配体是如何和这些残基进行配对的。在HIV-1蛋白酶中，效果好的抑制剂会以一个类似于过渡态的状态进行结合，使得两个催化天冬氨酸侧链附近出现一个羟基。
