PDBQT文件
AutoGrid使用PDBQS文件来存储受体，PDBQS中包含了大分子所有原子的坐标、部分电荷、和溶解参数信息。AutoDock 3使用PDBQ文件来存储配体的原子坐标、部分电荷、有关网格的描述和分子可旋转部分信息。
在AotuDock 4中，情况有了较大的改变。在AutoDock中我们使用一种性的格式PDQBT，来存储受体和配体原子坐标、部分电荷和AutoDock 4原子种类信息。相对于AutoDock 3来说原子种类的加入可以说是一个巨大的进步：AutoDock 3通过原子名称的第一个字符来确定原子的种类；而AutoDock 4使用一个或两个字符来表示原子种类，避免了原子名重叠的冲突和不依赖于原子名称。并且AotuDock 4中原子名称的引入也意味着我们可以加入更多的原子种类来加以区分原子，比如，可以区分形成氢键和不形成氢键的氮原子。
格式定义
一个完整的PDBQT文件必须包含：
- 部分电荷
- AutoDock 4 原子种类
用于AutoDock 4 标准力场的配体和受体的PDBQT文件有额外的要求：
- Gasteiger PEOE部分电荷
- 联合原子代表，如仅极性氢。一个联合原子代表获得的方法是，先计算分子全氢模型的部分电荷，接着将所有与氢成键的非极性重原子上的氢，并将氢的部分电荷加到极性氢原子上。
在AutoDock 中配体可以进行柔性处理，并且我们用“扭转树”的概念表示刚性部分和可旋转部分。旋转树中必有一个根节点，其分枝数可为零或更多，并且分枝中还可以有分枝。每个分子定义了一个可旋转键。在PDBQT文件中，扭转树使用以下记录来表示，这些记录的位置非常重要。
