做分子模拟的软件有哪些？
autodock (分子对接软件)
GULP (General Utility Lattice Program)
X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)
高通量筛选软件PowerMV (统分子显示、计分析、相似性搜索等)
化合物活性预测程序PASS
计算材料科学Mathub
Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)
MARVIN’S PROGRAM (表面与界面模拟)
XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)
3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)
3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)
AMSOL (半经验量子化学计算
Amsterdam Density Functional (ADF,电子结构计算)
BOSS (蒙特卡洛模拟软件)
CADPAC (剑桥量子化学计算软件)
Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)
CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)
Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)
ChemTK Lite (QSAR软件)
Chemweb计算化学在线工具：GAMESS
COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)
CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)
DL_POLY (分子动力学模拟软件)
DockVision (分子对接程序)
DPMTA (分子动力学并行模拟软件)
GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)
Glide (分子对接程序)
GROMOS (通用分子动力学软件包)
HyperChem (分子模拟)
Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)
Jmol (分子可视化软件)
MacroModel (分子力学计算程序)
MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)
MCPRO (蛋白质和核酸的蒙特卡洛模拟软件)
MDRANGE (分子动力学计算)
MDynaMix (分子动力学计算软件)
MidasPlus (分子建模软件)
MOE(分子模拟应用)
MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)
MOLPRO 量子化学软件包 (计算分子电子结构)
Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
NAMD (并行分子动力学计算软件)
NWChem (计算化学软件包)
OpenEye (计算分子的静电性质、形状)
ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序)
PAPA（粒状物料的分子动力学计算程序)
