计算机分子模拟

分子模拟机制，计算机分子模拟技术。计算机分子模拟是指利用计算机来构造、显示、分析分子模型，用理论方法与计算技术，模拟或仿真分子运动的微观行为，使分子结构直观化，通过计算机模拟出分子的立体构象，能形象地观察到药物小分子与生物大分子间的相互作用的过程，判断药物小分子与受体大分子结合的可能活性位点，还能对药物小分子的结构进行修正，提出改善药效学和药动力学性质的改良方案。

蛋白质分子模拟

利用物理数学的方法和原理，以计算机为工具，模拟蛋白质、药物等物质分子中原子、分子的结构及相关性质；并按照一定的规律，改造天然分子，设计自然界不存在的全新分子。其理论基础有X射线衍射晶体学、核磁共振波谱学、电势能、分子动力学等。主要应用有蛋白质结构预测、蛋白质和多肽分子的结构预测，蛋白质分子与抑制剂等复合物的分子对接、蛋白质与其他分子之间的相互作用、药物设计等。

分子模拟与药物设计

药物设计，即研究蛋白质与小分子药物之间的相互作用，包含两个方面，基于配体的药物设计和基于受体的药物设计。涉及的方法有，QSAR with CoMFA，即可以建立分子性质（包括生物活性）与它们结构之间相关的统计学与图形化模型，以便设计出活性更好的新化合物。高通量虚拟筛选，计算高通量筛选可以增加筛选数据集中合适化合物的占有率并且能降低先导物发现的成本。同源模建是一个根据模板蛋白将以及序列转变成3D结构的技术总称，包括了threading和homology两种。